ดังที่ยอมรับกันโดยทั่วไปว่าการประเมินทางเศรษฐศาสตร์เป็นเครื่องมือชนิดหนึ่งในการตัดสินใจตั้งแต่การปฏิบัติงานระดับต่างๆ จนถึงการบริหารงานเชิงนโยบายในระดับชาติ แต่ในการดำเนินการประเมินก็พบว่ามีปัญหาอุปสรรค (hurdles) หลายประการ รวมทั้งในการประเมินต้นทุนด้วย  ปัญหาในการประเมินต้นทุนที่เป็นข้อโต้แย้งที่ยังหาข้อสรุปไม่ได้ (controversial issues) อาจแบ่งได้เป็น 3 ประเด็น ได้แก่ แนวคิด (concepts) วิธีการ (methods) และการกำหนดค่าอ้างอิงที่ใช้ในการวิเคราะห์ (reference values) ด้วยเหตุนี้ เมื่อพิจารณาเปรียบเทียบผลการวิเคราะห์ต้นทุน ผลลัพธ์ที่แตกต่างกันอาจไม่ได้เกิดจากปริมาณทรัพยากรที่ใช้แตกต่างกัน แต่เป็นผลมาจากการใช้แนวคิด วิธีการคำนวณ และค่าอ้างอิงที่แตกต่างกัน  เหตุการณ์เช่นนี้ได้มีหลักฐานเชิงประจักษ์ในประเทศไทย โดยการวิเคราะห์ต้นทุนที่โรงพยาบาลอำเภอขนาด 60 เตียง พบว่าการคำนวณต้นทุนค่าลงทุนต่อปีด้วยแนวทางอิงหลักการทางบัญชี (accounting-based approach) จะได้ต้นทุนน้อยกว่าการคำนวณโดยแนวทางอิงหลักเศรษฐศาสตร์ (economic-based approach) 934,648 บาท (ค่าเงินในปี พ.ศ.2545) มูลค่าที่แตกต่างคิดเป็นร้อยละ 13 ของการคำนวณที่อิงหลักเศรษฐศาสตร์ รวมทั้งการเปลี่ยนอัตราลดจากร้อยละ 3 เป็นร้อยละ 6 ทำให้ค่าลงทุนเพิ่มขึ้นร้อยละ 4.8