ในปีงบประมาณ2561 การกำหนดหลักเกณฑ์การดำเนินงานและการบริหารจัดการกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติส่วนใหญ่มีแนวทางเหมือนปีที่ผ่านมา มีการปรับปรุงเฉพาะบางประเด็นให้สอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลและการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการ