งบประมาณที่ สปสช. ได้รับสำหรับการจัดบริการดูแลผู้ติดเชื้อเอชไอวี ผู้ป่วยเอดส์ และผู้ป่วยวัณโรคในแต่ละปี จะจัดสรรเป็นเงินชดเชยสำหรับการให้บริการแก่ผู้ป่วยในอัตราที่ สปสช. กำหนดตามปริมาณงานที่หน่วยบริการได้ดำเนินงาน และชดเชยเป็นยาไปยังหน่วยบริการตามจำนวนที่หน่วยบริการได้จ่ายให้แก่ผู้ป่วยที่มารับการรักษา รวมถึงการสนับสนุนและส่งเสริมการจัดบริการเพื่อเพิ่มศักยภาพการปฏิบัติงานของหน่วยบริการทั้งด้านปริมาณและคุณภาพ